Afflitti a causa della perdita della loro patria, i Genesect attaccano New Tork City. Casualmente, Ash e i suoi amici stanno visitando la città e il parco chiamato Pokémon Hills. Quando l'attacco ha inizio, Ash viene protetto dalla comparsa improvvisa del leggendario Mewtwo, chiamato prima a difendere la città e poi a schierarsi contro le insensate pretese del capo dei Genesect.
