L'insofferenza alle direttive e alla disciplina costano al capitano Kirk il comando dell'Enterprise. La flotta stellare gli leva la nave e lo separa dal suo primo ufficiale Spock, come due bambini troppo indisciplinati. Sarà l'arrivo di una minaccia imprevista e misteriosa e, di nuovo, la capacità di Kirk di mettere in luce le proprie abilità a costringere la flotta a rimetterlo al suo posto. Un uomo che la stessa razza umana ha modificato geneticamente, e poi congelato nel terrore di ciò che aveva creato, si è svegliato ed intende svegliare tutti gli altri 72 esperimenti come lui. Visto che uno solo basta a creare scompiglio e quasi demolire una città, l'obiettivo è renderlo innocuo il prima possibile. Eppure sembra che non sia lui il peggio intenzionato...
