Dopo una caotica rapina, Lupin e Jigen si ritrovano a divenire i custodi di un piccolo bambino mentre una giovane pirata del cielo di nome Yutika mira al loro bottino. Yutika è una abitante della città-stato (fluttuante nel cielo) di Shahalta, la cui forma di governo è passata recentemente dalla monarchia alla repubblica non senza qualche tumulto. Ben presto, Lupin e Yutika uniranno le loro forze per scoprire uno dei più grandi tesori di Shahalta ed eludere le autorità.
