Dopo la fine della Guerra Fredda il colonnello Fury si ritirò nello Yukon. Le autorità americane decidono di richiamarlo in servizio: i figli del terribile barone Von Stucker, infatti, hanno resuscitato il "marchio" dell'organizzazione terroristica più famigerata del mondo: l'Hydra. Fury deve bloccarli prima che un orrendo contagio semini morte negli States.
