Dopo gli eventi del primo capitolo, Shirou Emiya ha perso Saber, la sua Servant, e quindi non può più combattere la guerra per conquistare il Sacro Graal. Ma quando scopre che Sakura è stata rapita da Shinji forma un gruppo per andare a liberarla, riuscendo nell'impresa. Shirou giura di proteggere Sakura qualunque cosa accada, benché i comportamenti della ragazza diventino sempre più strani e inquietanti.
